Die heutige Gemeinde Hebertsfelden setzt sich in Auswirkung der Gemeindegebietsreform von 1972 und 1978 aus den drei Altgemeinden Hebertsfelden, Linden und Unterhausbach, sowie Teilen der früheren Gemeinden Langeneck, Lohbruck, Gern II und Peterskirchen zusammen.
Gleich vorweg sei die Feststellung erlaubt, dass mit dieser Gebietsverbindung sich weitestgehend die Dörfer, Weiler und Einöden zusammengetan haben, die seit mehr als einem halben Jahrtausend in einer engen Beziehung zueinander gestanden waren, auch wenn deren Bewohner zwischenzeitlich über viele Generationen hin in getrennten Verwaltungseinheiten gelebt hatten.
Die Gemeinde Hebertsfelden liegt im südlichen Niederbayern im tertiären Hügelland am Oberlauf der Rott zwischen den Städten Eggenfelden und Pfarrkirchen.
Die Frühgeschichte dieser Gegend liegt weitgehend im Dunkeln. Funde von Steinwerkzeugen belegen eine Besiedelung schon in der Jungsteinzeit. Erdwallanlagen deuten auf die Keltenzeit, wahrscheinlicher jedoch auf die Zeit der Ungarneinfälle um 900 nach Christus hin. Recht oft zu finden sind, wegen des Überwuchses durch Wälder erhaltene, parallel verlaufende Gräben und Wälle, die als sogenannte mittelalterliche Hochäcker gedeutet werden.
Hebertsfelden ist nach derzeitigem Wissen der älteste urkundlich erwähnte Ort im Gemeindebereich: 1073 wird ein Ortsadeliger mit dem Namen Adalprecht de Heriboldesuelden erstmals urkundlich genannt. Das Geschlecht derer „de Heriboldesuelden“ wird von Historikern der Schicht der sog. Edelfreien zugerechnet, die in diesem Raum als alteingewurzelte und vermögende gesellschaftliche Gruppe galten. Der Name Heriboldesuelden wird ausgelegt als Heribold zu/bei den Feldern. Aus dieser Namenszusammensetzung leiten Historiker zudem ab, dass Hebertsfelden neben Massing und Amelgering als älteste bajuwarische Niederlassung zu sehen ist (im Historischen Atlas von Bayern Band 28 -Gericht Eggenfelden- indirekt belegt).
Außer der urkundlichen Nennung im 11. Jahrhundert ist keine Generationenfolge bekannt. Hebertsfelden hat in den folgenden Jahrhunderten nicht den Zuwachs an Bedeutung erfahren wie der Nachbarort Eggenfelden, dem ähnliche geschichtliche Wurzeln zugeschrieben werden.
Hebertsfelden ist zusammen mit der Pfarrei Oberdietfurt die südlichste Pfarrgemeinde des Bistums Regensburg, umgeben von alten Pfarreien des Bistums Passau (Schönau und Postmünster) und viele Jahrhunderte lang bis 1830 des Erzbistums Salzburg (Gern und Hirschhorn – seither Bistum Passau).
Zwischen 1220 und 1240 hatte das Hochstift Passau Besitz in Hebertsfelden und Rottenstuben.
Mit der Organisation der herzoglichen Land- u. Pflegegerichte in Obmannschaften seit 1464 wird Hebertsfelden Sitz zweier Obmannschaften: Hebertsfelden I im Amt Eggenfelden und Hebertsfelden II im Amt Mornthal. Ebenfalls zum Amt Mornthal gehörte die nördlich davon gelegene Obmannschaft Niedernkirchen.
Die Obmannschaften waren auf ein Dekret hin von Herzog Ludwig dem Reichen von Bayern-Landshut zunächst zum Zwecke des ländlichen Gebietsschutzes gebildet worden. Sie erlangten dann auch Bedeutung zur Steuereinhebung und für sog. Scharwerkzwecke (Hand- und Spanndienste). Als unterste Verwaltungsebene der Landesherrschaft der bayerischen Wittelsbacher hatten die Obmannschaften Bestand bis Anfang des 19. Jahrhunderts. Sie waren den schon erwähnten Ämtern, die Gerichtsbefugnisse besaßen, zugeordnet. Die Ämter Eggenfelden und Mornthal gehörten mit den Ämtern Massing und dem später gebildeten Amt Wurmannsquick zum Gericht Eggenfelden. Das Gericht Eggenfelden war 1440 durch die Aufteilung des Rottgerichts Pfarrkirchen entstanden. Dieses Gericht bei der Rott wiederum war eine Schöpfung des niederbayerischen Herzog Heinrich XIII gewesen, der in den Jahren 1260 – 1272 den Zusammenbruch der Pfalzgrafschaft (Kraiburg)-Ortenburg machtpolitisch im eigenen Interesse konsequent genutzt hatte.
Aus Hebertsfeldener Sicht bemerkenswert ist die Existenz des Amtes Mornthal. Dieses hatte im Gegensatz zu den Ämtern Eggenfelden, Massing und Wurmannsquick kein Recht zur Abhaltung von Märkten. Diese Rechte, so wird daraus geschlossen, reichen in die Ortenburger Zeit zurück. Die Einöde Mornthal dürfte seine gewisse Bedeutung somit erst in der wittelsbachisch-herzoglichen Neustrukturierung auf Grund seiner gutsmäßigen Größe erlangt haben.
Neben und auch schon vor den Obmannschaften gab es über viele Jahrhunderte hinweg im heutigen Gemeindegebiet Sitze und Hofmarken, die meist auch niedere Gerichtsbarkeiten besaßen: Rottenstuben, Ponhardsberg, Gaßlsberg, Krapfenberg und Hausbach. Die beiden letztgenannten hatten die Gerichtsbarkeit als Patrimonialgerichte bis 1848 inne. Zahlreiche Anwesen im heutigen Gemeindebereich unterstanden der Hofmark Gern, einzelne weitere auch anderen auswärtigen Sitzen.
Die Gemeindebildung von 1818/23 im Rahmen der Verwaltungsneuordnung des Königreichs Bayern formierte aus dem Steuerdistrikt Hebertsfelden (bestanden seit 1808/10) eine aus 25 Orten zusammengesetzte landgerichtische Gemeinde: aus 15 Orten der früheren Obmannschaft Hebertsfelden I und weiteren 10 Orten, die bis dahin umliegenden Hofmarken eingegliedert waren (Hofmarken Gern, Grasensee und Haiming sowie Hofmarkssitz Gaßlsberg). Eine Neusiedlung des 19. Jahrhunderts ist die Einöde Holzgrund. Linden zählt zu den verhältnismäßig jungen Siedlungen im Streusiedelland an der Rott. Der Ort Linden war um 1750 ein unscheinbarer Weiler im Tal der Rott mit nur vier Anwesen, die verschiedenen Grundherrschaften unterworfen waren.
Im Rahmen der Verwaltungsorganisation des 1806 entstandenen Königreichs Bayern bildete man 1808/10 im Landgericht Eggenfelden zunächst einen Steuerdistrikt Linden, der sich aus allen Orten der bisherigen Obmannschaft Hebertsfelden II (außer Ober- und Unterlehen) und aus weiteren 11 Orten der benachbarten Obmannschaft Niedernkirchen zusammensetzte. Einzelne Höfe aus anliegenden adeligen Hofmarken kamen hinzu, so Ferlin (entstanden aus Fern-Linden) und Nußbaum aus der Hofmark Hirschhorn, Schieghub aus der Hofmark Taufkirchen, Mehring und Kuglmehring vom Hofmarkssitz Krapfenberg. Neusiedlungen des 19. Jahrhunderts sind die Einöde Schwaiglehen (inzwischen dem Gemeindeteil Wengl angegliedert) und die Häuser am Bahnhof Hebertsfelden, der seit der Eröffnung der Rottal-Bahn Neumarkt – Pocking am 1. September 1879 besteht. Südgrenze dieses Steuerdistrikts wie auch der nachmaligen, nunmehr aufgelösten Gemeinde Linden war die Rott. Unterhausbach verdient in Bezug auf den heutigen nördlichen Gemeindebereich besondere Beachtung:
Der Ortsname Hausbach erscheint erstmals 1436 in einer Besitzurkunde eines Ortolf Tattenbach. Ein Zweig dieses alten aus dem gleichnamigen Ort Tattenbach bei Birnbach stammenden Adelsgeschlechts nannte sich seit dem 15. Jahrhundert nach unserem Hausbach, das von seinen Anfängen her immer als Sedel oder Hofmarkssitz bezeichnet wird. Für 1597 ist der Umfang des Sitzes Unterhausbach mit einem ganzen Sedelhof und mehreren Huben in nächster Umgebung bezeugt. 1808/10 bildete die königlich-bayerische Verwaltungsneuordnung aus den Gütern des Hofmarkssitzes Unterhausbach, aus den Orten der bisherigen Obmannschaft Niedernkirchen und aus dem westlichen Bereich der alten Obmannschaft Schönau zunächst den Steuerdistrikt Unterhausbach, der insgesamt 35 Einzelsiedlungen umfaßte, darunter nur 4 kleine Dörfer (Holzhamm mit 6 Anwesen, Niedernkirchen mit 5, Oberhausbach mit 11 und Unterhausbach mit 10 Anwesen) und 6 Weiler (je 2 bis 3 Gehöfte). Alle übrigen Siedlungen waren (und sind meist auch heute noch) Einödhöfe. Dieser Steuerdistrikt war Grundlage der zwischen 1818 und 1823 neuformierten Ruralgemeinde gleichen Namens. Interessant ist die Tatsache, daß als Hauptsitz der neuen Gemeinde Unterhausbach im Landgericht Eggenfelden nicht der Ort des Filialkirchensprengels Niedernkirchen gewählt wurde, sondern eben der Sitz des 1821 bestätigten Patrimonialgerichts Hausbach, das übrigens im gleichen Jahr von den Tattenbachs durch Erbschaft an die Grafen Arco überging, aber schon 1848 mit der Aufhebung der Patrimonialgerichtsbarkeit endgültig in die Zuständigkeit der politischen Gemeinde kam.
Wulzinger, der Eggenfeldener Landgerichtsarzt beschrieb in seiner Historischen Topographie 1878 auch die Ortschaft und die Hofmark Unterhausbach, die nach ihm „52 Einwohner, 28 Gebäude und eine Kirche …. hat und sämtliche Gewerbe, die sonst bei Burgen angetroffen werden, wie einen Wirth, Schmied, Wagner, Krämer usw.“. Doch schon damals hätten die Unterhausbacher nicht mehr gewußt, wo das Schloss gestanden habe. Noch heute wird das dortige, nun neu renovierte Kirchlein als „Schloßkircherl“ bezeichnet.
In der Zeit um die Mitte des 19. Jahrhunderts wurden auch die Grundherrschaftsrechte über die Bauern aufgehoben. Damit entfielen auch die Zehent- (Zins-) und Dienstpflichten (Scharwerke).
Die Altgemeinden hatten 170 Jahre hindurch als unterste staatliche Ordnungseinheiten das verfassungsmäßig verbürgte Selbstverwaltungsrecht zu verwirklichen gestrebt.
Ein Ereignis, das Eingang in Geschichtsbücher fand, trug sich während des Spanischen Erbfolgekrieges (1701 – 1714) am 12. November 1705 bei Hebertsfelden zu:
Die Bevölkerung Bayerns hatte nach der verlorenen Schlacht bei Höchstädt unter Einquatierung kaiserlicher Truppen und hohen Abgaben sehr zu leiden. Den äußerst rigoros durchgeführten Zwangsrekrutierungen durch die kaiserlich-österreichischen Besatzungstruppen hatten sich wohl auch die Hebertsfeldener Bauernburschen entzogen. Es ist anzunehmen, dass sie auch an dem Überfall mehrerer hundert Aufständischer auf den Markt Eggenfelden am 09. November 1705 beteiligt waren. Dabei sollen einige Besatzungssoldaten und ein Amtsknecht getötet worden sein. Die kaiserliche Administration reagierte umgehend und schickte von München aus eine Abteilung Husaren unter Oberst de Wendt ins rebellierende Rottal los. Er erreichte am 12. November Eggenfelden, stellte fest, dass die Aufständischen geflohen waren und folgte diesen nach.
In der Nähe von Hebertsfelden holte er eine größere Gruppe davon ein. Es folgte ein gnadenloses Gemetzel mit etwa fünfzig Toten. Der Überlieferung nach zogen sich die Kampfhandlungen vom damaligen Pfarrhof bis zum Weiler Ponhardsberg hin. Zur Abschreckung der Bevölkerung wurden die Gefangenen am nächsten Tag aufgehängt.
Die Überlebenden stifteten eine Votivtafel, die bis heute erhalten ist.
Der Aufstand und das Gemetzel von Hebertsfelden waren das Fanal für den offenen Bauernaufstand, der in den Schlachten von Sendling bei München „Sendlinger Mordweihnacht“ 24./25. Dezember 1705 und bei Aidenbach in Niederbayern am 08. Januar 1706 seine grausamen Höhepunkte fand. Die unzulänglich ausgerüsteten Bauern wurden zu Tausenden regelrecht hingeschlachtet.
Von kriegerischen Bedrängnissen früherer Zeit zeugen Schanzen die aus der Keltenzeit, möglicherweise auch erst aus der Zeit der Ungarneinfälle im zehnten Jahrhundert n. Chr. stammen.
Als Zuflucht vor Überfällen in Kriegswirren, so vermutlich im Dreißigjährigen Krieg von 1618 bis 1648 dienten wohl auch unterirdische Gänge, die unter anderem in Gschaidmaier nachgewiesen sind.
Das Geschehen in der Pfarrei Hebertsfelden im ersten Drittel des 19. Jahrhunderts hat der damalige Pfarrer Dr. Thoni in seinen Tagebuchaufzeichnungen niedergeschrieben. Diese geben ein anschauliches Bild über die Nöte der Bevölkerung während der napoleonischen Kriege, die Mühen des Lebensunterhalts und des Alltags in Dorf und Umgebung wieder. Auszüge daraus sind von Gerti Kempfler in den „Tagebuchaufzeichnungen eines Landpfarrers“ veröffentlicht worden.
Das Hebertsfeldener Gebiet blieb im Zweiten Weltkrieg von Kriegshandlungen verschont. Im Anschluss daran wurden viele Hundert Flüchtlinge aus den deutschen Ostgebieten, vor allem Sudetendeutsche, hiesigen Wohnungseigentümern, insbesonders Landwirten, zur Unterbringung zugewiesen.
Auch zahlreiche nicht mehr heimgekehrte ungarische Soldaten fanden eine Bleibe.
Ein großer Teil dieser Menschen, die ihre Heimat verloren hatten, wanderte in den folgenden Jahren ab. Viele jedoch fanden hier auf Dauer Arbeit und ein neues Zuhause.
In früherer Zeit hat die Bevölkerung ihr Einkommen weitestgehend aus der Landwirtschaft und dem Handwerk gewonnen. Durch den Strukturwandel, von dem die Landwirtschaft auch hier betroffen ist, haben sich die Erwerbsquellen deutlich zu Gewerbe, Industrie und Handel, sowie auch zum Dienstleistungsbereich hin verlagert.